十天之后,南京政府先后发布了三个公告,一个是［新闻出版制度管理规范］，另二个是【南京政府初中高等教育大纲】和【科举考试制度规范】。其中前二个是立刻施行，后一个是在统一全国之后，开始施行。
前两个到是没有引起什么引起什么，［新闻出版制度管理规范］的出台，实际就意味着民间私人可以创办报纸，虽然说对报纸内容做了相应的限制，但这一点也无可厚菲，任何朝廷都会对出版物进行管制，而且这六条规范从字面上来说，也都说得过去，谁都挑不出什么毛病来。
而【教育大纲】则更简单了，因为现在的教育体糸己经早就在长江六省开始实施，在浙江、山东等地都己经实施了好几年。而且创办公立学校，将教育系统化，正式化也被公认为是商毅推进的仁政之一。而在教育中加入数学、物理、天文、世界地历、历史、外语等內容，虽然也引起过一些争议，但反对的势力并不强大。因为东南沿海地区的风气比较开放，对于新事物的接收也很快，而且商毅并不是废弃了传统教育，只是加入了一些新的课目，不少开明有识之士也都清楚，这此科目确实都是有用的学问。
不管愿不愿意，反正商毅己经这么做了，在公立学校上学，就必须学习这些课程。而公立学校全部都是免收学费，使用免费教材，同时给学生提供一些必要笔墨纸张，对绝大多数人家来说，都居有很大的吸引力，因此在公立学校上学的学生还是占了大多数。
但【科举考试制度规范】的发布，却引起了不小的争议，当然争议的主要焦点，就是将一些自然科目引入到科举中。在【规范】中还附有一张自然科目的范例考卷，共计有六十题，毎题一分，其中包括有数学（含几何）、物理、天文、世界知识、时政五个部分的內容，每一部分的分数在十到十五分之间，以四十分为及格线。自然科目不及格，不能中的。
将自然科目引入到科举，确实在中国一千多年的科举考试中，是从未有过的事情，因为中国古代一向都不重视自然科学，因此一些道学者、士大夫都强烈的反对这一点。而对其他內容，到都能接受，毕竟废除八股文，扩宽科举的命题限制，己经是仕林人士的共识。也有相一部份人和王夫之的意见相同，认为可以把自然科目全部归到经济物科里面去，没必要参到科举里面。
当然反对的口气也不是一边倒，也同样有不少人持支持立场，因为自然科目己经在南京政府的教育体糸中存在下来，不少人也从中看到了希望，自然科目学得好，也同样能够通过科举做官，另外还有一批人是绝对拥护商毅的支持者，也都持赞同态度。
同时【中华时报】也再一次发挥政府口舌的工具，连续发表文章、评论、说明自然科目的重要性，以及将自然科目引入到科举的好处等等。因此又引发了一场口水大战。虽然也有一些道学者写文反驳，但传播的范围和影响力都远不及【中华时报】。
不过就在几天之后，在参政院里就有议员发出了“反对将将自然科目引入到科举”的提案，为此也在参政院里展开了激烈的辩论，足足花了一天的时间，这也是参政院实行了会议制度规范之后，对一个提案花费时间最长的一次，当然这也和辩论有多次被打断有关，其中还引发了两次混乱，有五名情绪激动的议员被逐出会场，另外还有大量的议员遭到违规，或警告。
在最后的投票表决中，以一百五十七票赞用，一百五十二票反对，十三票弃权，尽管赞同占了多数，但未能达到投票的半数，因此这一提案并未能通过。
原因就在于，参政院里的议员来自社会各层，真正的传统读书人所占的比例并未超过半数，还有大量的经商者、手工业者、实业者。因此传统观念在这里并不一定有立场。而且大多数人对商毅都十分拥护，诸多因素加在一起，最终出现了这个参政院成立以来，最居有争议的一次投票表决。
不管怎么说，结果己经定了下来。当然商毅也早就做好了被参政院表决通过的准备，就算是被表决通过，商毅也不打算退让，也要强行通过。因为商毅十分清楚，只要自己坚持不动摇，反对的声音就会慢慢自动消失，而学生们也都会去老老实实学习这些自然科目，毕竟十年寒窗苦读，不就是为了金榜提名的那一刻吗？能够真正坚持自己学术原则的人，总是少数，而等考过几次之后，就算再有人反对，也没有用了。
而这时在前次战役中抓到的绍武、永安两个朝廷的皇帝朱聿鐭和朱以海，以及皇室成员，主要大臣一共有一百多号人，也都押送到了南京。
商毅下令，将朱聿鐭和朱以海，以及他们的家人都送到孝陵去给朱元璋守坟，实际就是把他们的活动限制在孝陵的范围之内，等于的变向的监押。并且平时付责一些打扫卫生之类的工作。因为商毅并没有禁止明朝的遗臣去参拜孝陵，但毎天只开放一个时辰的时间。因比在这一个时辰内，朱聿鐭、朱以海和他们的家人都将限制行动，不许和外人接触。
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