全部战斗也只用了十几天的时间，人马所到之处，清军不是弃城而逃，就是拱手投降，几乎没有发生过千人规模以上的战争。等战事全部结束以后，商家军一共夺取了两个州城、十二个县城，歼敌一千三百余人，投降五千余人，不仅又扩地二万多平方公里，而且也将目前商設的全部领地都连结在了一起，就是从杭州派出的船队也可以在海州、灵山卫等地停靠上岸，直接送到山东战区，而不必非要绕过山东半岛，才能在登州地区靠岸。
到这个时候，商毅己经控制了北起勃海南端，南至台湾北部的所有中国沿海地区，纵跨有山东、南直隶、浙江三省，地域近二十万平方公里，人口约八百五十余万。己经成为这个时代的中国一支不可忽视的力量。
另一线的战斗中，李自成得到商家军援助的火炮之后，也死死守住了武昌，阿济格虽然发动了多次进攻，但都无法取得进展，又得知中路的多铎惨败，因此也只好退兵驻守襄阳、承天一线。到这个时候，清军发动的南征进攻，也终于全部停止下来。明清之间形成了南北对持局面。
而这时清军中路的主将多铎早己将败阵的结果发回北京，现在正在等着听候北京的发落，但在北京的决定下来之前，多铎还必须尽守土之责。但随着商家军鲁南战役的结束，淸军的淮东尽丧，鲁南尽失，整个中原地区都受到极大的危胁，多铎也大为震惊，赶忙又招集众将商议，如何面对商家军咄咄逼人的进攻。
这时清军的诸将都己是惊弓之鸟，耿仲明当时就提议，现在清军新败，士气低落，不宜与商家军再战，一但商家军再发动进攻，只怕连淮北都守不住，因此建议多铎不如放弃淮北，退守开封一线，这样不仅可以和阿济格部靠近，而且还能保证中原地区的安全。
这个建议得到了许多将领的赞同，但却遭到了洪承畴的强烈反对，因为尽管商家军的攻势很盛，但其实己是强弩之末，所取都是清军兵力薄弱的地方，虽然打通了鲁南，连结了山东和淮东，但这也差不多是商家军的极限，恐怕在短时间内无力再扩张下去。而且这个连结点也缺少纵深，仍然十分薄弱，因此并不足为虑。而且淮北地区是中原的门户，连结着中原和山东，一但失守，不仅商毅现在控制的鲁南、淮东地区能够彻底安全下来，就连整个黄河南岸都难以保全，清廷的势力将退回到刚入关的时候。
因此洪承畴建议多铎，无论如何，也必须坚守住淮北，而守住淮北，首先就要守住徐州，只要徐州不失，不仅可以保住整个淮北的安全，而且可以四面用兵，北可保护山东侧翼，东威胁鲁南和淮东，南可进攻淮西，趁着现在商家军无力再攻，应该加强徐州的守备，多修建工事，无论如何，也要守住徐州。
多铎毕竟也是精通兵法的人，而且对中原的地形也有一番研究，当然知道徐州的重要性，因此听了洪承畴的建议之后，也决定守住徐州。
而就在这时，北京朝廷也传来多尔衮的指令，将多铎严历斥责了一顿，并将多铎由亲王降为郡王，严命多铎立刻布置安排，严守淮北地区，不得再后退一步，并且着重指明，一定要力保徐州不失。命郑亲王济尔哈朗即刻南下，代多铎掌兵，随后和洪承畴一道回京听候处置。同时也传令西线，命阿济格也暂缓进军，分兵驻守承天、德安一线，然后带着吴三桂、尚可喜回京。
接到多尔衮的传令之后，多铎也不敢违抗，立刻下令严守淮北，又命叶臣驻守徐州、图赖驻守宿州互为犄角，然后等着济尔哈朗到位。
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